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注册12306时如果发现手机号已经被别人注册过了，可能有以下几种原因。
1、您的手机号码可能之前已经被其他人用于注册账号，这可能是因为亲友或者其他人使用您的手机号进行注册时忘记了更改信息，您可以尝试找回密码或者联系客服进行申诉，证明这个账号并非您本人注册。
2、您的个人信息可能被盗用，在这种情况下，建议您立即联系相关部门或机构，确认您的个人信息是否被非法获取并使用，也可以尝试联系铁路客服协助解决账号注册问题。
3、也有可能是系统错误导致的误判，有时候系统的错误或者故障会导致手机号被误判为已注册，可以尝试重新注册，如果系统提示手机号已经存在，可以联系客服寻求帮助。
无论哪种情况，建议您尽快联系铁路客服或者相关部门，确认身份并解决问题，也建议您加强个人信息保护，避免个人信息泄露和被盗用。